۲- راجع به تبصره 2 ماده 54:
این بند با توجه به تغییر ماده 54 در اصلاحیه مصوب 31/4/1394 حذف شده است.
۳- راجع به ماده 55:
الف) با توجه به صراحت این ماده پرداختی مودی اعم از آنکه به موجب سند رسمی صورت گیرد و یا قرارداد عادی، مورد قبول بوده و مبالغ مندرج در همین مدارک به شرط احراز واقعیت قابل کسر از مال‌الاجاره دریافتی خواهد بود. اما درباره ملک واگذاری متعلق به خود مودی، در صورت عدم ارائه سند رسمی، ارزش تقویمی وفق تبصره 2 ماده 54 ماخذ محاسبه قرار خواهد گرفت.
ب) حکم ماده 55 به هیچ وجه املاک غیر مسکونی را شامل نمی‌شود. اما چنانچه خانه یا آپارتمان واگذاری مودی بعد از عقد اجاره توسط مستاجر بدون توافق و دخالت موجر به عنوان محل کسب و کار و غیره مورد استفاده واقع شود، این امر موجب تضییع حق مودی موصوف از حیث لزوم کسر اجاره پرداختی از دریافتی نخواهد بود.
۴- راجع به ماده 57:
الف) درآمد مندرج در این ماده هر نوع درآمد اعم از مشمول یا غیر مشمول مالیات را شامل می‌شود. بنابر این مالک ملک استیجاری چنانچه از منابعی مانند کشاورزی یا از محل واگذاری املاک مشمول تبصره 11 ماده 53 این قانون نیز کسب درآمد نماید، نمیتواند از معافیت موضوع 57 برخوردار شود، مگر آنکه درآمدهای حاصله کمتر از حد معافیت موضوع ماده 84 باشد که در این صورت مقررات تبصره 2 ماده 57 در حق او اعمال خواهد شد.
ب) چون در ماده 57 مودی برای تسلیم اظهارنامه مخصوص این ماده معین نشده، مودی در هر مرحله از مراحل تشخیص و حل اختلاف و وصول و اجرا میتواند با تسلیم اظهارنامه مذکور تقاضای اعطای تسهیلات موضوع این ماده را بنماید و واحدهای مالیاتی مادام که خلاف اظهارات مودی ثابت نشده، ملزم به قبول مندرجات اظهارنامه تسلیمی میباشند. ضمناً در مواردی که مودی نیاز به اخذ گواهی انجام معامله داشته باشد، نبایستی صدور آنرا موکول به اخذ تائیدیه از اداره امور مالیاتی محل سکونت او بنمایند.
۵- راجع به حق واگذاری محل موضوع ماده 59:
الف) طبق نص صریح ماده 59 قانون مالیاتهای مستقیم دریافتی مالک یا صاحب حق بابت حق واگذاری محل مشمول مالیات می‌باشد، بنابراین در مواردی که بابت واگذاری محل کسب و کار یا تجارت وجهی دریافت نمی‌شود، باید موضوع واگذاری دقیقاً مورد بررسی واقع و با توجه به وضعیت خاص عقد فی مابین اقدام لازم معمول گردد. اگر فی المثل بنا به جهات مربوط به عرف محل یا عقاید مذهبی متعاملین دریافت حق واگذاری محل موضوعیت نداشته باشد، از لحاظ مالیاتی نیز بایستی موضوع را پذیرفت و در نتیجه مالیاتی مورد مطالبه نمی‌باشد و یا از آنجا که میزان مال‌الاجاره با مبلغ حق واگذاری محل دریافتی نسبت معکوس دارد، چنانچه در مقابل عدم دریافت حق واگذاری محل مال‌الاجاره بیشتری نسبت به املاک مشابه بین طرفین تعیین شده باشد، در این صورت نیز مطالبه مالیات منتفی خواهد بود.
ب) بر خلاف تصور برخی ماموران مالیاتی منظور از (موقعیت تجاری) مذکور در تبصره 2 ماده 59 آن نیست که زمینهای واقع در منطقه تجاری در صورت انتقال مشمول مالیات حق واگذاری محل بشود. لذا متذکر می‌گردد مادام که ملک به صورت زمین بوده و فعالیت تجاری و یاکسب و کاری در آن صورت نگیرد در موارد انتقال قطعی مشمول مالیات حق واگذاری محل نخواهد بود.
ج) در موارد به اصطلاح پیش فروش مغازه یا محل کار کسب و تجارت، مبدا مرور زمان مالیاتی تاریخ تنظیم سند رسمی و در صورت عدم تنظیم سند رسمی- سی روز پس از تاریخ تحویل و تصرف توسط انتقال گیرنده می‌باشد.
۶- راجع به ماده 63:
منظور از نقل و انتقال قطعی املاک به صورتی غیر از عقد بیع، عقودی از قبیل صلح، هبه و معاوضه می‌باشد. چنانچه صلح و هبه به صورت معوض باشد، انتقال دهنده ملک برابر ماده 59 مشمول مالیات خواهد بود و اگر به طور بلاعوض باشد، انتقال گیرنده مشمول مالیات بر درآمد اتفاقی طبق مقررات فصل ششم باب سوم قانون مالیاتهای مستقیم شناخته می‌شود. یادآوری می‌نماید که قید مال الصلح تقریباً بی ارزش (مانند یک سیر نبات یا یک سیر نمک که بنا به شیوه‌های مرسوم به منظور تکمیل ارکان معامله در اسناد قید می‌شود) در اسناد به منزله پرداخت عوض نبوده و این گونه عقود بعنوان بلاعوض تلقی خواهد شد و نکته قابل توجه دیگر در این خصوص آن که، انتقال ملک به بانکها صرفاً به منظور اخذ تسهیلات بانکی در اجرای مقررات قانون عملیات بانکی بدون ربا نبایستی موجب تعلق مالیات مضاعف گردد. لذا در مواردی که ضمن معامله بین طرفین، بانک نیز به قصد اعطاء تسهیلات وارد معامله شده و به جای انتقال گیرنده واقعی سند انتقال بنام بانک صادر می‌گردد، فقط یک فقره مالیات از انتقال دهنده اخذ و بعد از آن موقع تنظیم یا تسجیل سند بنام انتقال گیرنده واقعی مالیات دیگری مطالبه نخواهد شد.
۷- راجع به ماده 74: به طور کلی طبق ماده 22 قانون ثبت اسناد و املاک مصوب 1310 (و اصلاحات و الحاقات آن) دولت فقط شخصی را که ملک در دفتر املاک به اسم او ثبت شده و یا به او منتقل گردیده و این انتقال نیز در دفتر املاک به ثبت رسیده یا این که از مالک رسمی ارثاً به او رسیده باشد، مالک خواهد شناخت. با توجه به ماده 22 مزبور و نیز با عنایت به ماده 47 قانون یاد شده در نقاطی که اداره ثبت اسناد و املاک و دفاتر اسناد رسمی موجود باشد، از لحاظ مالیاتی هم که مجری مقررات آن دولت است، فقط انتقال املاک به شرح فوق‌الذکر دارای رسمیت بوده و گرنه واگذاری به غیر بدون تنظیم سند رسمی از حیث مالیاتی جنبه اجاره خواهد داشت. با وجود این بنا به نص صریح ماده 74 قانون مالیاتهای مستقیم در مواردی که ملک حسب عرف محل مورد معامله قطعی واقع شود، در صورت احراز واقعیت، موضوع انتقال قطعی آن قابل قبول خواهد بود. لیکن انتقال عادی سایر املاک وفق مواد 22 و 47 مزبور از نظر دولت (از جمله سازمان امور مالیاتی کشور) در حکم انتقال قطعی نمی‌باشد. هر چند در این حالت نیز اعتراض مودیان وفق قسمت اخیر ماده 229 قانون مالیاتهای مستقیم قابل رسیدگی در هیاتهای حل اختلاف مالیاتی خواهد بود.
۸- راجع به ماده 77:
این بند به موجب رای شماره 455 مورخ 5/7/1388 هیات عمومی دیوان عدالت اداری ابطال گردیده است.
۹- راجع به ماده 78:
مهمترین حقوق ملکی مذکور در ماده 78 شامل (حق ارتفاق به ملک غیر) (با توجه به مواد 93 تا 108 قانون مدنی)، بهره مالکانه معادن (با رعایت مقررات موضوعه مربوط به آن) و حق رضایت مالک دریافتی در موارد حق واگذاری محل توسط مستاجر به غیر می‌باشد. دریافتی واگذارنده بابت هر یک از حقوق مزبور مشمول مالیات به نرخ دو درصد وفق ماده 59 قانون مالیاتهای مستقیم خواهد بود (توجه شود که نرخ 5% مذکور در ماده 59 منحصراً نسبت به ارزش معاملاتی ملک قابل اعمال است که در صورت انتقال قطعی ملک مصداق می‌یابد.)